Chương trình tiến sĩ Kỹ thuật cơ khí Trường Đại học Nha Trang nhằm đào tạo ra tiến sĩ có trình độ cao về lý thuyết và thực hành, có khả năng nghiên cứu độc lập và sáng tạo, khả năng phát hiện và giải quyết những vấn đề mới có ý nghĩa về mặt khoa học, công nghệ thuộc các lĩnh vực thiết kế và chế tạo thiết bị ngành nông nghiệp và ngư nghiệp.